L’intervention architecturale, discrète, permet de mettre en avant la richesse biologique du site en la complémentant d’une force didactique et ludique tout en respectant la substance patrimoniale bâtie de la Chancellerie et du Pénitencier.
La falaise sert de toile de fond au projet et emmène le visiteur vers l’entrée avec un effet littéralement « cinématographique » avec des séquences qui rythment son parcours dans ce site exceptionnel.
Cadré, le regard découvre aussi bien le « mur naturel » de la falaise que l’esplanade d’entrée, percée par le patio pour annoncer le pavillon souterrain.
Le couvert intervient comme une horizontale indiquant le parcours et se déroule en suivant le rocher. L’esplanade dégagée propose des espaces adaptés pour des expositions extérieures, des projections, des vernissages…
A l’intérieur, l’accueil est largement éclairé par le patio et par l’entrée ouverte sur le rocher. Ce niveau d’accueil se prolonge de plain-pied dans la Chancellerie et donne directement accès au Musée d’archéologie. Puis, descendant quelques marches, le visiteur arrive dans la salle d’exposition, au plan libre se terminant par un escalier central menant au musée de la Nature.
L’excavation est résolue en conservant une distance prudente avec le mur d’enceinte qui soutient la rue des Châteaux. Le projet préfère confiner l’intervention souterraine en œuvrant contre la falaise et sous le Pénitencier.  En évitant les efforts horizontaux, les travaux se concentrent sur la reprise des efforts verticaux qui restent prévisibles et gérables par une dalle précontrainte.
La roche dénudée par l’excavation devient objet d’exposition en soi. La pierre est valorisée par des aménagements paysagers qui sont pensés comme un jardin évolutif et didactique, notamment autour du pénitencier.